Introducción. La urgencia que demandó el enfrentamiento de la pandemia de influenza AH1N1 en Santiago de Cuba y la inexperiencia de la red de laboratorios del territorio fueron dos aspectos claves del trabajo microbiológico durante este suceso. Objetivo. Describir los resultados del funcionamiento de la red de laboratorios de Microbiología de la provincia Santiago de Cuba en el enfrentamiento de la pandemia de influenza AH1N1 durante los años 2009-2010. Métodos. Estudio observacional, descriptivo, transversal de los resultados de los 9 laboratorios de Microbiología que participaron en la toma de muestras sospechosas de enfermedad tipo influenza (ETI) durante la pandemia. Se midieron las variables: muestras según evolución de la pandemia, muestras por hospitales, calidad de las muestras, productividad de las muestras, virus identificados. Se calculó media aritmética, desviación estándar, moda y frecuencia absoluta y relativa. Los resultados se expresaron en porcentaje. Resultados. Participación masiva de los laboratorios de la red provincial a la vigilancia de ETI y con frecuencia variable según tipo de hospital. Las deficiencias de calidad detectadas se clasificaron en, de llenado de la indicación médica, de enfoque clínico de los casos y de procedimientos del laboratorio de Microbiología y determinaron el 11,3% de muestras no útiles. Se obtuvo un 28,2% de positividad general. El 71,7% correspondió a virus influenza y el 56% de este a AH1N1pdm09. Conclusiones. La experiencia organizativa y técnica desarrollada para el enfrentamiento microbiológico de la pandemia de AH1N1 en la provincia aportó resultados satisfactorios y facilitó el trabajo posterior de la vigilancia de ETI.